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　　離子交換柱有陽離子交換柱和陰離子交換柱。離子交換柱是同種性質的離子的交換。

　　以陰離子交換柱為例，陰離子交換樹脂含有的咸性基團可解離出OH-，能和溶液里的陰離子，如和堿性環境中的氨基酸陰離子發生交換而結合在樹脂上。

　　離子交換劑是由基質、電荷基團（或功能基團）和反離子構成的，基質與電荷基團以共價鍵連接，電荷基團與反離子以離子鍵結合。

　　以陰離子柱為例：離子交換劑的電荷基團帶正電，其反離子帶負電。若你的樣品帶負電你就可以選擇陰離子柱，在低鹽時你的樣品被掛在柱子上（即帶正電的電荷基團上），當你用高鹽洗脫的時候你的樣品會被鈉離子等替換而被洗脫下來。

　　離子交換是利用不同的蛋白質的帶電部分與具有相反電荷的離子交換劑吸附強弱不同，采用不同洗脫強度的流動相．分別將它們洗脫下來。

　　離子交換劑是借酯化、氧化或醚化等化學反應，在纖維素或凝膠分子上引入陽離子或陰離子基團的特殊劑型。當離子交換劑帶陽離子基團時，即可吸附陰離子樣品，稱為陰離子交換劑，如DEAE一纖維素．反之，離子交換劑帶陰離子基團時，可吸附陽離子樣品．稱之為陽離子交換劑，如CM一纖維紊。

　　離子交換劑分離樣品時，主要液靠增加緩沖溶液的離子強度或改變酸堿度來進行洗脫。